Opery:
- Halka (premiera wersji 2-aktowej 1848, wersji 4-aktowej 1858)
- Sen Wieszcza (nieukończona, pisana w latach 1852-1853)
- Flis (premiera 1858)
- Rokiczana (nieukończona, pisana w latach 1858-1859)
- Hrabina (premiera 1859)
- Verbum nobile (premiera 1861)
- Straszny dwór (premiera 1865)
- Paria (premiera 1868)
- Trea (nieukończona, pisana w roku 1872)
Balety:
- Monte Christo (1865)
- Na kwaterunku (1868)
- Figle szatana (1870) balet w 6-ciu obrazach, muzykę do 3 obrazów skomponował Stanisław Moniuszko, do 3 obrazów Adam Münchheimer, zaginiony, zrekonstruowany w 1984 przez Rafała Augustyna.
Operetki:
- Loteria (ok. 1840)
- Żółta szlafmyca (1841)
- Jawnuta (1850)
- Betty (1852)
- Beata (1870 lub 1871)
- Nocleg w Apeninach (1839)
Kantaty:
- cztery Litanie Ostrobramskie (1843-1855)
- Milda (tekst – fragm. „Witoloraudy” Józefa Ignacego Kraszewskiego) 1848
- Nijoła (tekst jw.) po 1848
- Widma (tekst – „Dziadów część II” Adama Mickiewicza) ok. 1852
- Sonety krymskie (tekst – wybrane 8 sonetów Adama Mickiewicza) 1867
Msze
Uwertury koncertowe:
- Bajka
- Kain
- Uwertura wojenna
Pieśni:
- Ojcze z niebios, Boże Panie
- Dziad i baba
- Pieśń wieczorna
- Znasz-li ten kraj (2 wersje)
- Trzech budrysów
- Prząśniczka
- Złota rybka
- Krakowiaczek
- Kozak
- ŚwiteziankaT
- Czaty
- Lirnik Wioskowy
- Czarny krzyżyk (słowa Brunona Bielawskiego)
Z jego pieśni zostało wydanych 12 Śpiewników domowych: 6 za życia kompozytora i 6 po jego śmierci.